מגילת ספר הוא חיבור אוטוביוגרפי של רבי יעקב עמדין ("היעב"ץ") המתאר את הביוגרפיה של המחבר ומשפחתו, וכן היבטים ופרטים רבים מהפולמוס הגדול נגד רבי יהונתן אייבשיץ, שבמרכזו עמד רבי יעקב עמדין. פולמוס זה הרעיש את עולם היהדות בזמנו, והותיר פילוג בין חכמי ישראל גם לאחר פטירת השניים.
חיבור יוצא דופן זה מתאר גם נושאים אינטימיים שבדרך כלל אינם מופיעים בביוגרפיות של חכמי ישראל מתקופות אלו, כגון התגברות על ניסיון "מעין של יוסף הצדיק" עם בת דודתו שהתאכסן בבית הוריה, בעיות בשלום בית עם אשתו השלישית, השוואת אהבתו בין אשתו הראשונה לשנייה, ועוד. בספר מתוארת גם התעסקותו בלימודי מדעים ותחומי עניין נוספים כמדע המדינה, לימוד שפות והיסטוריה.
אופיו וניסוחו של החיבור נותן לו ערך בלטריסטי, ומייחד אותו אף בין ספריו של רבי יעקב עמדין. הפרטים הרבים על חייו ופועליו של המחבר ותקופתו, נותנים לו ערך תיעודי רב.
הדפים הראשונים של החיבור הודפסו לראשונה בתוך כתב העת המשכילי "המאסף", אך הפסקת הוצאת כתב העת הקפיאה את המשך הדפסת החיבור. בהמשך הודפס הספר כולו מתוך עותק אלמוני בכתב יד, מתוך כתב היד המקורי. ברוב מהדורות הספר היו שיבושים רבים, השמטות וצנזורים, כמו לדוגמה דברי ריב שהיו לרבי יעקב עמדין עם גדולי דורו, שצונזרו בחלק מהמהדורות.